Bakterien kan spres til flere organer og vev i kroppen, og påvirke disse i forskjellig grad. Variasjonen i symptomer er stor, og kan kombineres på utallige måter, selv om noen mønstre går igjen. Syk­doms­bildet varier mye fra pasient til pasient, men vedvarende utmattelse, sterkt redusert korttidshukommelse, hjernetåke og smerter i muskler og ledd går igjen hos mange. I tillegg er det ikke uvanlig å få hudutslett, synsforstyrrelser, koordineringsproblemer, lammelser og forstyrrelser i autonome funksjoner som puls og temperatur­regulering. Det er heller ikke uvanlig at Lyme Borreliose pasienter har sterke humørsvingninger og depresjoner. Ingen har alle symptomene, men mange har flere. Det er også stor forskjell mellom symptomene i tidlig fase og det pasienten opplever senere i forløpet.

Det blir noen ganger sagt at B. garinii oftest gir nevrologiske symptomer, at B. afzelii ofte gir hud- og leddproblemer, og at B. burgdorferi oftest gir leddproblemer. Dette er en sterk forenkling, alle tre underarter kan gi forskjellige typer symptomer. Dessuten kan man faktisk være infisert med mer enn en underart, slik at symptombildet kan være ganske uklart.

Siden symptomene kan være så mange og så varierte, er det viktig å huske på at ikke alle problemer har sin årsak i Lyme Borreliose. 

Illustrasjonsbildet er hentet fra www.bada-uk.org, og viser et karakteristisk utslett (EM)