IDSA representerar på sett og vis 'the establishment'.  Etter IDSA modellen er borrelia er relativt enkelt å diagnostisere (utelukke) og dei seier at 30 dagar  antibiotikabehandling uansett er nok til å utrydde bakterien. IDSA hevdar at borreliose IKKJE kan bli kronisk, og at testmetodikken er akseptabel. Etter det IDSA hevdar er antibiotikabehandling uten ønska effekt ein sterk indikasjon på at pasienten ikke har borreliose, eller at symptoma skuldast ettervirkning (Post Lyme). IDSA omtalar langvareg antibiotikabehandling som ufaglig, uansvarlig og potensielt farlig.
ILADS organiserar fagfolk som opponerar mot desse synspunkta.. ILADS hevdar at Borrelia er svært vanskeleg å påvise, og at ubehandla borreliose høgst sannsynleg blir kronisk. ILADS påstår at Borrelia har spesielle egenskapar som bidrar til å kamuflere immunresponsen, og at dette er ei viktig årsak til at antistofftesting ikkje gir pålitelege svar.  ILADS hevdar at kronisk borreliose er svært vanskeleg å  behandle, og at det er nødvendig med langt høgare dosar og mykje lengre behandling enn kva IDSA anbefalar. 

Striden mellom desse to retningane har gått over lang tid, og like mykje i rettssalane som ved universiteta. Konflikta mellom leirane aksellererte i 2001, då Klempner et al publiserte "Two controlled trials of antibiotic treatment in patients with persistent symptoms and a history of Lyme" New England Journal of Medicine.  Av IDSA tilhengarane er dette dokumentet brukt som 'bevis' på at langvarig antibiotikabehandling ikkje kan anbefalast, og frå ILADS leiren er den same artikkelen trekt fram som 'bevis' på at IDSA konklusjonane er basert på eit ikkje eksisterande vitenskapeleg grunnlag. Med utgongspunkt i IDSA guidelines har fleire av dei mest profilerte ILADS legane blitt frådømt retten til å praktisere i kortare eller lengre tid. 

State Attorney  ('statsadvokaten') i Connecticut (Blumenthal)   gjorde i mai 2008 vedtak om å suspendere IDSA guidelines inntil vidare. Det blir vist til uklare og uheldige forbindelsar mellom IDSA panelet og økonomiske interesser, og det blir også hevda at IDSA har gjort upassande grep for å hindre forskarar med avvikande synspunkt å få innflytelse i IDSA. I regi av State Attorney har  ei arbeidsgruppe ('panel') fått i oppdrag å gå gjennom det vitenskapelege grunnlaget for anbefalingane.

ILADS (International Lyme and Associated Disease Society)
IDSA (Infectious Disease Society of America)