Utvikling av Lyme Borreliose blir ofte beskrevet i 3 stadier. Denne inndelingen er sterkt inspirert av litteraturen rundt Syfilis :

Stadium 1: Tidlig sykdom, lokal  Hvis Erythema migrans oppstår på bittstedet 2-30 dager etter flåttbittet, er det et sikkert tegn på tidlig infeksjon, men det har vist seg at mange er smittet selv om utslettet har uteblitt. Man kan også få influensalignende symptomer. Borrelia lymfocytom er en lite kjent variant som også kan være tegn på tidlig sykdom. Det ser ut som en liten blårød ”hevelse” i huden, oftest på øreflipp, brystvorte eller pung. Får man rask og tilstrekkelig behandling på dette stadiet blir man som regel kvitt sykdommen.

Stadium 2: Tidlig, spredt (disseminert) sykdom  I tilfelle av ubehandlet tidlig sykdom vil spiroketene kunne spre seg til flere vev og organer i kroppen og etablere seg der. Den formen for spredt sykdom som sannsynligvis er lettest å påvise er akutt nevroborreliose, og den blir derfor oppfattet som den vanligste i Norge. Symptomer i dette stadiet kan være nevropatier (”syke nervebaner”) som gir lammelser (typisk ensidig ansikslammelse) og andre nevrologiske symptomer, leddbetennelse, flere EM-utslett, generelt nedsatt almenntilstand, utmattelse, hjerteaffeksjon, leveraffeksjon, osv. 

Stadium 3:  Sen, spredt sykdom Dette stadiet er det man kaller kronisk borreliose, dvs. når sykdommen har vart over lang tid (mer enn 6-12 måneder). Symptomene er mye de samme som i stadium 2. Det er typisk at symptomene kan komme og gå. Det kan være lange perioder uten spesielle symptomer, og så kan de dukke opp igjen, måneder og år etter det opprinnelige bittet.  Acrodermatitis chronica atrophicans (ACA)  er akseptert som sikkert kjennetegn på sen sykdom.