Behandling og valg av antibiotika er ei sak for autorisert lege.

Valg av behandlingsopplegg for seint stadium av Lyme Borreliose er omstridt.  Den amerikanske organisasjonen IDSA står for det konservative synet som ligg til grunn for anbefalte behandlingsopplegg i dei fleste andre land, også i Europa. ILADS, også ein amerikansk organisasjon, står for eit syn som seier at pasientane må få individuell behandling og at det svært ofte trengs langvarig behandling i seint stadium av LB. Dei meiner også at kombinasjonsbehandling med fleire typar antibiotika kan vere nødvendig for å bekjempe infeksjonen.

Vanlig behandlingspraksis er 200 mg doxycyclin  pr dag i 14 dagar (litt avhengig av kroppsvekt mv).   Nokre få pasientar med langvarig lidelse får tilbud om intravenøs behandling, vanlegvis med ceftriaxone (inntil 2 g / dag i 2 eller 4 veker)  eller doxycycline.  Det er dokumentert at berre eit fåtall av  hardt ramma pasientar med langvarig lidelse blir  friske/ bedre  av standardbehandlinga, og det synes noko uklart kvifor denne praksisen får stå. 

Kombinasjonsbehandling blir anbefalt av mange legar fordi Borreliabakterien både kan finnast intracellulært og ekstracellulært i kroppsvæsker (blod o.a.), og fordi bakterien kan ha forskjellige former (vegetativ form, cysteform mm). Forskjellige typar antibiotika vil kunne ha forskjellig effekt i dei ulike nisjene og på dei ulike formene. Ofte går metronidazol, tinidazol eller hydroxychloroquin inn som ein av komponentane i kombinasjonsbehandling.

Norske anbefalingar for behandling er  oppsummert i ein artikkel av Ljøstad og Mygland, publisert i Tidsskriftet for Den norske Lægeforening, nr 10, 2008.  Andre kjente bidrag i denne debatten finn du hos den EU baserte organisasjonen EUCALB, hos  Deutsche Borreliose-Gesellschaft  (Diagnostikk og behandling av Lyme-Borreliose)  og  ILADS: Evidence-based guidelines for the management of Lyme disease  ILADS presenterar dessutan ei samanlikning mellom anbefalingar frå IDSA og ILADS

Jarish-Herxheimer reaksjon 
De fleste borreliosepasienter som får effektiv behandling opplever en midlertidig forverring av tilstanden. Dette er en velkjent og veldokumentert reaksjon som kalles Jarish-Herxheimer reaksjon (JH-reaksjon). Intensitet og varighet av denne perioden med forverring kan variere mye, både mellom personer og mellom typer av antibiotika.

JH-reaksjon kan arte seg på forskjellig vis, fra trøtthet og utmattelse til kraftig forverring av alle symptom, og at nye symptom oppstår. Reaksjonen kan oppstå umiddelbart, særleg ved IV-behandling, men det er like vanleg at den oppstår etter en eller flere dager, opptil 2-3 veker etter start av behandling. Dette er sannsynligvis avhengig av hvor raskt giftstoffer (toksiner) fra bakteriene blir frigjort, og hvor raskt kroppen (lever og nyrer) klarer å bryte ned eller skille ut disse stoffene.

Jarish Herxheimer reaksjonen er best kjent fra behandling av syfilis, og langt fra alle legear knytter dette opp mot Lyme Borreliose. I flere tilfeller har behandling blitt avbrutt fordi denne reaksjonen har blitt tolket som at pasienten ikke tåler behandlinga. Sterk JH reaksjon kan tvertimot være en god indikasjon på at antibiotikaen er effektiv.

Vi må her legge til at det kan være vanskeleg å skille JH-reaksjon fra enkelte bivirkninger av antibiotika, og enkelte pasienter kan naturligvis ha allergiske reaksjoner mot enkelte medikamenter.