Behandling og valg av antibiotika er ei sak for autorisert lege.

Valg av behandlingsopplegg for seint stadium av Lyme Borreliose er omstridt.  Den amerikanske organisasjonen IDSA står for det konservative synet som ligg til grunn for anbefalte behandlingsopplegg i dei fleste andre land, også i Europa. ILADS, også ein amerikansk organisasjon, står for eit syn som seier at pasientane må få individuell behandling og at det svært ofte trengs langvarig behandling i seint stadium av LB. Dei meiner også at kombinasjonsbehandling med fleire typar antibiotika kan vere nødvendig for å bekjempe infeksjonen.

Vanlig behandlingspraksis er 200 mg doxycyclin  pr dag i 14 dagar (litt avhengig av kroppsvekt mv).   Nokre få pasientar med langvarig lidelse får tilbud om intravenøs behandling, vanlegvis med ceftriaxone (inntil 2 g / dag i 2 eller 4 veker)  eller doxycycline.  Det er dokumentert at berre eit fåtall av  hardt ramma pasientar med langvarig lidelse blir  friske/ bedre  av standardbehandlinga, og det synes noko uklart kvifor denne praksisen får stå. 

Kombinasjonsbehandling blir anbefalt av mange legar fordi Borreliabakterien både kan finnast intracellulært og ekstracellulært i kroppsvæsker (blod o.a.), og fordi bakterien kan ha forskjellige former (vegetativ form, cysteform mm). Forskjellige typar antibiotika vil kunne ha forskjellig effekt i dei ulike nisjene og på dei ulike formene. Ofte går metronidazol, tinidazol eller hydroxychloroquin inn som ein av komponentane i kombinasjonsbehandling.

Norske anbefalingar for behandling er  oppsummert i ein artikkel av Ljøstad og Mygland, publisert i Tidsskriftet for Den norske Lægeforening, nr 10, 2008.  Andre kjente bidrag i denne debatten finn du hos den EU baserte organisasjonen EUCALB, hos  Deutsche Borreliose-Gesellschaft  (Diagnostikk og behandling av Lyme-Borreliose)  og  ILADS: Evidence-based guidelines for the management of Lyme disease  ILADS presenterar dessutan ei samanlikning mellom anbefalingar frå IDSA og ILADS