Det er velkjent at flåtten kan overføre en lang rekke sykdommer både til dyr og mennesker. Sykdommer som finnes både hos dyr og mennesker kalles zoonotiske sykdommer, og mange av de sykdommene som overføres av flått er zooonoser. De flåttbårne zoonosene er likevel ikke med i rapportene fra Folkehelseinstituttets overvåkning av zoonoser hos mennesker . Den best kjente flåttbårne sykdommen er Lyme Borreliose. Andre aktuelle flåttbårne patogener i Norge er Anaplasma, Babesia, Bartonella og Tularemi (harepest). Disse har fått lite oppmerksomhet i norsk humanmedisin, og følgelig blir testing gjort helt unntaksvis.  Det er sannsynlig at flere av disse sykdommene er sterkt undervurdert.

Flåtten kan også overføre TBE-virus (Tick borne encephalitis), en del tilfeller av denne virusinfeksjonen er påvist i Norge.

Meldingssystem for smittsomme sykdommer (MSIS) ved Folkehelseinstituttet er et system for å holde oversikt over utbredelsen av en del infeksjonssykdommer. Lyme Borreliose (bare påviste tilfeller i stadium 2 og 3) og Tularemi blir registert her.