Lyme Borreliose, som flere andre kroniske infeksjoner, kan føre til at kroppen får mangel på enkelte næringsstoffer, for eksempel B12, magnesium og zink er nevnt av flere fagfolk. De fleste Lyme-leger anbefaler ekstra tilskudd av vitaminer og mineraler. Dessuten vil de fleste være enig i at det er riktig med et generelt sunt kosthold med lite sukker og mye fiber, og en god balanse mellom protein og fett. Generelle råd om å bruke mye grønsaker og fisk gjelder her også. Fiskefett inneholder omega-3 fettsyrer, som er kjent for å ha en betennelsesdempende effekt, så å spise feit fisk eller ta tran er bra. Antioksydanter er viktig fordi infeksjoner er med på å stresse cellene i kroppen slik at de lettere skades (oksyderes), og antioksydanter er med på å beskytte cellene mot slike skader.